Zapłata kary umownej może być przedmiotem mediacji, ale najczęściej jednak jest przyczyną sporów sądowych, które mogą trwać wiele lat. Wykonawca zamówienia publicznego staje zatem przed dylematem, czy nie płacić kar i dochodzić swoich racji w sporze oraz narażać się na ryzyko wykluczenia z postępowania, czy jednak zapłacić je dobrowolnie jako kluczowy element przekonania zamawiających o podjęciu optymalnych środków naprawczych. Oczywiście wykonawca ma jeszcze inne wyjście, mianowicie zapłacić kary i dochodzić ich zwrotu w sądzie, czym wydatnie osłabia swoją pozycję procesową. Każde rozwiązanie jest dla wykonawcy dalekie od ideału, ale to tylko początek możliwych kłopotów jeśli wykonawca przeprowadzi procedurę „samooczyszczenia” po pierwsze w sposób niezgodny z zasadami opisanymi w ustawie Pzp, po drugie w sposób nieumiejętny.