Wykonawca może się bronić przed klauzulami niedozwolonymi umowy tak na etapie przetargu, jak i realizacji zamówienia, a także podnosić ten zarzut w sporze sądowym. To że postanowienia niedozwolone nie zostały usunięte na etapie przetargu, i stały się elementem kontraktu nie oznacza że są legalne. Wykonawca zawsze może podnosić naruszenie art. 353¹ k.c. w zw. z art. 139 ust. 1 Pzp (np. w zw. z naruszeniem z art. 483 § 1 k.c. i 484 § 2 k.c.), co do każdego postanowienia umownego, w tym co do regulacji i konstrukcji kar umownych.  Zwłaszcza gdy te sytuacje związane są z nieznacznymi lub niezawinionymi przez wykonawcę naruszeniami umowy. Bo chociaż zamawiający jest gospodarzem postępowania, to swojej pozycji nie może nadużywać, gdyż stanowić to będzie o przekroczeniu granicy swobody umów.

Oczywiście optymalnym terminem na kwestionowanie takich postanowień jest etap przetargu, gdzie wykonawca może żądać ich usunięcia, doprecyzowania lub zmiany opisu postaw do naliczania kar umownych i powiązanie ich zawinionym działaniem lub zaniechaniem wykonawcy.